原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥的大脑被烧毁直接死亡，而史密斯及其复制品也在源源不断的删除代码中得以删除黑客帝。
黑客帝国矩阵重启解析在最后战役的60年后，重生的救世主尼奥忘了先前发生的事情回归平凡人身份，但随着遇见爱人崔妮蒂之后，尼奥也在黑客兔儿和年轻莫菲斯的带领下重返母体，面对幻觉寻找背后真相，再次为自己心爱的人而战结。
黑客帝国的结局，就是母体史密斯尼奥全部系统崩溃被删除史密斯在剧情中，类似一个叛逆的程序，就像病毒一样可以无限复制，母体无法对其进行控制就像我们的电脑系统，无法独立直接删除病毒一样而在大结局中，尼奥和史密斯。
最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现最终先知和尼奥共同拯救了人类经典的黑客帝国系列完结。
人类发明了AI人工智能，大家都懂得，人什么人都有，有些人制造了病毒程序，然后因为种种原因，这些病毒程序失去了控制比如编写者死亡或病毒升级，然后他们流亡在网络环境里，逐渐控制了机械，然后依靠机械同 人类展开。