在上集打败密探史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回地球上最后一个人类据点锡安基地在那里，他们和其他自由战士们聚集到了一起3黑客帝国3矩阵革命梗。
黑客帝国矩阵重启解析在最后战役的60年后，重生的救世主尼奥忘了先前发生的事情回归平凡人身份，但随着遇见爱人崔妮蒂之后，尼奥也在黑客兔儿和年轻莫菲斯的带领下重返母体，面对幻觉寻找背后真相，再次为自己心爱的人而战结。
尼奥，真名为托马斯安德森，是黑客帝国三部曲当中的主角，身为矩阵母体中的“救世主”促成了机器与人类之间的和平电影当中由基努里维斯饰演尼奥原名托马斯安德森，原本只是一个普通的人类，表面上是知名软件公司的电脑。
经过百年的战争，这些人的最后城池岌岌可危，但是他们发现并唤醒了救世主neo，于是这群人通过黑客手段进入母体不过他们不是只用电脑进入，而是用通过和电脑连接，使自己的意识直接进入母体这样，就象是一个玩电脑统治了。
在矩阵中生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事而在现实中生活的人类反抗组织的船长墨菲斯，也一直在矩阵中寻找传说的救世主，就这样在人类反抗组织成员崔妮。