这个世界崩溃过很多次，锡安被毁灭过很多次，而尼奥是触发点，尼奥再锡安的世界也能使用超能力，说明这个世界也只是程序而已，包括他的眼睛瞎了后，依然能看到代码机器需要自主进化升级，它不具备这个能力，人类具备，所以它。
而尼奥就像我们现实世界里的黑客一样，能够进入不被允许进入的计算机内，任意浏览，修改里面的程序或文件正好尼奥这个黑客可以制服史密斯这个病毒，所以他就提出了让母体不再进攻锡安，自己帮母体清除已经扩散的史密斯病毒母体。
菲什伯恩 Nebuchadnezzar号飞船上的船长他和他的船员的使命是保护人类最后的城市锡安，并将其他人从矩阵中解救出来一直在寻找尼奥，并坚信尼奥就是救世主他在锡安很受欢迎，但在矩阵的特工眼里是一名被通缉的恐怖分子。
迟来的答案真实的世界是由机械世界和锡安两者构成所以救世主在飞船里的活动，在于章鱼机械打架的活动，在锡安里的活动都是真实的机械城的机械大帝创造了虚拟世界，用来管理人的意识所以救世主插上管子后活动都是虚拟的和史密斯打架。
如果墨菲斯说出锡安主机的密码，史密斯就会使锡安得防御系统彻底瘫痪，那人类就只有等待毁灭了。