尼奥为了人类和母体的和平 单挑史密斯 故意让史密斯吸收，被电脑重新洗牌删除史密斯，重做世界人类和机器和平共处。
黑客帝国4结局是neo潜意识以墨菲斯为蓝本创造了一个虚拟人物墨菲斯，把他的使命设定为引导neo反抗墨菲斯和新人类的一只小队从矩阵中救出了neo他们一起引导Trinity逃脱俩人利用自己的权限大杀四方，最后羞辱了一波。
尼欧突然就打赢了史密斯，和他的身份有关史密斯的“生”第一部最后尼奥觉醒，变成the One ，最后关头通过进入史密斯的身体，篡改了史密斯的程序，认为消灭了史密斯然而在第二部，当尼奥惊讶地发现史密斯并没有死，反而更。
黑客帝国3，机器准备第七次毁灭锡安人类地心城市人类岌岌可危，根本没有胜算由于伴随neo产生的程序斯密斯总跟neo打的那个已经失控，占领了整个母体机器控制人类的虚拟世界neo冒死去机器城跟机器老大去谈判。
黑客帝国的结局是尼奥和史密斯双双被机器删除，机器撤回电子乌贼大军，人类迎来了和平但我有几个疑问，机器使用了人作为能源，而控制这些人的手段是距阵，在尼奥和建筑师对话能看到，锡安只 黑客帝国的结局是尼奥和史密斯双双被机器删除。
最终一战尼奥与史密斯融合分解了，架构师也履行对尼奥的承诺允许那1%的人类永久的生存在锡安中，先知的矩阵革命得以实现最终先知和尼奥共同拯救了人类经典的黑客帝国系列完结。
不能说活着，但应该也不是死了吧，毕竟他的存在就是为了修复母体，重建ZION，就如前5任救世主所做的一样，但是因为他有爱，和别人不一样，他才选择了和别人不一样的道路所以应该也不能算个真实存在的吧倒下去以后。
首先你得知道，锡安也是一个虚拟的世界从尼奥能在锡安挡住电子乌贼以及能预测未来和在黑客帝国3中尼奥使命后仍然能看到另一个世界可以看出，而且史密斯还侵入了一个人的人脑，史密斯在母体中就可以随便占用人脑，这都能看出。
可惜高兴不到3秒，尼奥史密斯先生就自爆了原因是就我上面想要表达的，史密斯因尼奥存在而存在，现在1没有了，自然就不会有1了因此史密斯的死，依然是母体再平衡机制的结果黑客帝国3矩阵革命The Matrix。
故事的大概情节就如六楼所言，但是如果第一部几个关键点没搞清楚的话，整个故事确实是很难理解的我想谈谈我对看黑客三步曲后的认识其实整个故事的背景时间是在22世纪，也就是说电影中真正的人类已经是22世纪的了电。
原因史密斯感染了作为诱饵的尼奥，使机器大帝掌握了删除史密斯和尼奥的办法，最后以尼奥为进入矩阵的通道注入了大量的删除代码，导致尼奥的大脑被烧毁直接死亡，而史密斯及其复制品也在源源不断的删除代码中得以删除黑客帝。