破解密码

尼奥牺牲自己和病毒特工史密斯 史密斯本来是杀毒程序，在第一集最后被尼奥消灭后变异为病毒同归于尽，矩阵自身无法杀死病毒，设计师老人接受了尼奥的条件，换来了和平所以锡安最后没有灭亡仔细看，第三集最后部分。

实际上，整个黑客帝国2重装上阵是尼奥探寻自己使命背后真相的过程，他要为自己的行动寻找一个可以接受的理由在上集打败密探史密斯救出墨菲斯之后，尼奥随同亲密爱人崔妮蒂和其他战友一起，乘坐Nebuchadnezzar号飞船返回。